يتولى قسم مراقبة الأغذية مايلي :  

1- التفتيش على المؤسسات التي تبيع أو تصنع المواد الغذائية كالمطاعم والمقاهي والفنادق ومحلات بيع الحبوب والزيوت والخضار والفواكه والحلويات واللحوم والأسماك والدجاج والألبان والمرطبات وسائر المواد الغذائية الطازجة أو المعلبة والمغلفة وكذلك محلات الحلاقة ومحلات التنظيف والغسيل والباعة المتجولين ولذلك ضمن حدود المدينة .
2- مراقبة المواد الغذائية واخذ عينات منها للفحص لدى المختبر الحكومي وبيان مدى صلاحيتها للاستهلاك الآدمي .
3- مراقبة العاملين في المواد الغذائية ووضع الشروط الصحية والفنية لملابسهم وأدوات عملهم ولمدى صلاحيتهم الطبية للتعامل مع المواد الغذائية وكذلك الاطلاع على الشهادات الطبية التي تثبت خلوهم من الأمراض المعدية وإصدار التراخيص الازمه لهم.
4- تطبيق العقوبات الواجب اتخاذها اتجاه المحلات أو العاملين فيها والمخالفين للشروط والقواعد الصحية وفقاً لإحكام القانون.
5- الإشراف على المقاصب وعمليات الذبح فيها والكشف عن منتجاتها وعلى اللحوم الطازجة والمجمدة والمعروضة في محلات بيع اللحوم .
6- الكشف على الحيوانات الحية والمذبوحة المنتجة محليا أو المستوردة وإجراء الفحوصات الدورية للحيوانات المعدة للذبح .
7- التنسيق مع مراقبي الصحة الوقائية حول ما يتعلق بالمواد الغذائية المتداولة في الأسواق .
8- التنسيق مع قسم الأسواق وقسم الرخص التجارية حول التفتيش على المحلات والمؤسسات حسب شروط التراخيص الممنوحة لها .
9- تنفيذ الإجراءات المتخذة اتجاه المحلات أو المواد أو الأشخاص المخالفين للشروط والقواعد الصحية.
10- توعية المواطنين حول المواد الغذائية بالتنسيق مع الجهات المتخصصة  .
11- إصدار شهادة إتلاف بالمواد الغذائية المعدومة .